Сорокин Анатолий Александрович

Список статей

      1. Thiele, Ines; Swainston, Neil; Fleming, Ronan M. T. ;Sorokin, A. A. et al. A community-driven global reconstruction of human metabolism // NATURE BIOTECHNOLOGY 2013 Volume: 31 Issue: 5 Pages: 419 DOI: 10.1038/nbt.2488
      2. Adams, Richard; Clark, Allan; Yamaguchi, Azusa;Sorokin, A. A.; et al. SBSI: an extensible distributed software infrastructure for parameter estimation in systems biology // BIOINFORMATICS 2013 Volume: 29 Issue: 5 Pages: 664-665 DOI: 10.1093/bioinformatics/btt023
      3. Temlyakova, Evgenia A.; Dzhelyadin, Timur R.; Kamzolova, Svetlana G.;Sorokin, A. A.; et al. Electrostatic properties of bacterial DNA and promoter predictions // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS 2013 Volume: 31 Special Issue: SI Supplement: 1 Pages: 44-45 DOI: 10.1080/07391102.2013.786504
      4. Junker, Astrid; Sorokin, Anatoly; Czauderna, Tobias; et al.Wiring diagrams in biology: towards the standardized representation of biological information // TRENDS IN BIOTECHNOLOGY 2012 Volume: 30 Issue: 11 Pages: 555-557 10.1016/j.tibtech.2012.08.003
      5. Van Iersel, Martijn P.; Villeger, Alice C.; Czauderna, Tobias, Sorokin, A. A.; et al. Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN // BIOINFORMATICS 2012  Volume: 28   Issue: 15   Pages: 2016-2021   DOI: 10.1093/bioinformatics/bts270
      6. Lebedeva, Galina; Sorokin, Anatoly; Faratian, Dana; et al. Model-based global sensitivity analysis as applied to identification of anti-cancer drug targets and biomarkers of drug resistance in the ErbB2/3 network // EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES 2012  Volume: 46   Issue: 4   Pages: 244-258   DOI: 10.1016/j.ejps.2011.10.026
      7. Sorokin, Anatoly; Selkov, Gene; Goryanin, Igor. A user-defined data type for the storage of time series data allowing efficient similarity screening // EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES 2012 Volume: 46   Issue: 4   Pages: 272-274   DOI: 10.1016/j.ejps.2011.12.008 
      8. Sorokina, Oksana; Corellou, Florence; Dauvillee, David, Sorokin, Anatoly; et al. Microarray data can predict diurnal changes of starch content in the picoalga Ostreococcus // BMC SYSTEMS BIOLOGY 2011 Volume: 5     Article Number: 36   DOI: 10.1186/1752-0509-5-36   
      9. Sorokina, Oksana; Sorokin, Anatoly; Armstrong, J. Douglas. Towards a quantitative model of the post-synaptic proteome // MOLECULAR BIOSYSTEMS  2011 Volume: 7   Issue: 10   Pages: 2813-2823   DOI: 10.1039/c1mb05152k   Published: 2011
      10. Faratian, Dana; Goltsov, Alexey; Lebedeva, Galina; Sorokin, Anatoly; et al. Systems Biology Reveals New Strategies for Personalizing Cancer Medicine and Confirms the Role of PTEN in Resistance to Trastuzumab // CANCER RESEARCH 2009  Volume: 69   Issue: 16   Pages: 6713-6720   DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-09-0777
      11. Le Novere, Nicolas; Hucka, Michael; Mi, Huaiyu; Sorokin, Anatoly; et al. The Systems Biology Graphical Notation // NATURE BIOTECHNOLOGY  2009 Volume: 27   Issue: 8   Pages: 735-741   DOI: 10.1038/nbt.1558  
      12. Thomas, Gavin H.; Zucker, Jeremy; Macdonald, Sandy J; Sorokin, Anatoly; et al. A fragile metabolic network adapted for cooperation in the symbiotic bacterium Buchnera aphidicola // BMC SYSTEMS BIOLOGY 2009  Volume: 3     Article Number: 24   DOI: 10.1186/1752-0509-3-24
      13. Осипов А.А., Бескаравайный П.М., Джелярдин Т.Р., Камзолова С.Г., Сорокин А.А. Электростатические свойства промоторов ДНК мутантного штамма бактериофага Т7, приспособившегося к РНК-полимеразе Т3 // Математика. Компьютер. Образование: Тезисы 16-ой Межд. Конференции.- М.-Ижевск.- 2009.- T. 16, № 1.- C. 277.
      14. Бескаравайный П.М., Осипов А.А., Джелядин Т.Р., Камзолова С.Г., Сорокин А.А. Электростатические свойства промоторов Т7 ДНК, взаимодействующих с РНК-полимеразой E.coli // Математика. Компьютер. Образование: Тезисы 16-ой Межд. Конференции.- М.-Ижевск.- 2009.- C. 233.
      15. Камзолова С.Г., Сорокин А.А., Осипов А.А., Бескаравайный П.М. Электростатическая карта генома бактериофага Т7. Сравнительный анализ электростатических свойств σ70-специфических промоторов Т7 ДНК, взаимодействующих с РНК-полимеразой Escherichia coli // Биофизика.- 2009.- T. 54, № 6.- C. 975-983.
      16. Джелядин Т.Р., Бескаравайный П.М., Осипов А.А., Камзолова С.Г., Сорокин А.А. Сравнительный анализ электростатических и функциональных свойств промоторов Т7 ДНК,контролируемых РНК-полимеразой // Математика. Компьютер. Образование: Тезисы 16-ой Межд. Конференции.- М.-Ижевск.- 2009.- C. .
      17. Kamzolova, SG; Beskaravainy, PM; Sorokin, AA Electrostatic Properties of Promoter and Nonpromoter Sites in T7 Bacteriophage Genome // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS.- 2009.- Vol. 26, № 6.- P. 145.
      18. Камзолова С.Г., Осипов А.А., Бескаравайный П.М., Сорокин А.А., Сравнительный анализ электростатических свойств σ70-специфичных промоторов Т7 ДНК, взаимодействующих с РНК-полимеразой E.coli // XIV Симпозиум по межмолекулярному взаимодействию и конформациям молекул: Сборник тезисов .- 2008.- C. 141.
      19. Камзолова с Г., Сорокин А.А., Осипов А.А., Бескаравайный П.М. Сравнительный анализ электростатических и функциональных свойств промоторов Т7 ДНК, взаимодействующих с РНК-полимеразой E coli. // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова.- Москва.- 2008.- T. 4, № 1.- C. 5-13.
      20. Sorokin, AA; Osipov, AA; Beskaravainyi, PM; Kamzolova, SG Analysis of the distribution of the nucleotide sequence and electrostatic potential of the Escherichia coli genome // BIOFIZIKA.- MOSCOW: MEZHDUNARODNAYA KNIGA.- 2007.- Vol. 52, № 2.- P. 223-227.
      21. Sorokin, AA; Osypov, AA; Kamzolova, SG Comparative analysis of electrostatic and functional properties of some synthetic A-tracts containing promoters // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS.- ADENINE PRESS: SCHENECTADY.- 2007.- Vol. 24, № 6.- P. 657-658.
      22. Osypov A.A., Beskaravainy P.M., Sorokin A.A., Kamzolova S.G. Electrostatic Potential Map of the Whole Genome DNA of T7 Bacteriophage. Electrostatic Properties and Function of its Promoter Regions // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2007.- Vol. 24, № 6.- P. 714-715.
      23. Kamzolova, SG; Osipov, AA; Beskaravainyi, PM; Dzhelyadin, TR; Sorokin, AA Regulation of promoter activity through electrostatic interactions with RNA-polymerase // BIOFIZIKA.- MOSCOW: MEZHDUNARODNAYA KNIGA.- 2007.- Vol. 52, № 2.- P. 228-236.
      24. Камзолова С.Г., Осипов А.А., Бескаравайный П.М., Джелядин Т.Р., Сорокин А.А. Регуляция активности промоторной ДНК через электростатические взаимодействия с РНК-полимеразой // Биофизика.- 2007.- T. 52, № 2.- C. 228-236.
      25. Ma, Hongwu; Sorokin, Anatoly; Mazein, Alexander; et al. The Edinburgh human metabolic network reconstruction and its functional analysis //MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY  2007  Volume: 3     Article Number: 135   DOI: 10.1038/msb4100177  
      26. Sorokin, A.; Paliy, K.; Selkov, A.; et al. The Pathway Editor: A tool for managing complex biological networks // IBM JOURNAL OF RESEARCH AND DEVELOPMENT 2006  Volume: 50   Issue: 6   Pages: 561-573  
      27. Камзолова С.Г., Бескаравайный П.М., Осипов А.А., Джелядин Т.Р., Сорокин А.А. Сравнительный анализ электростатических и функциональных свойств 70-специфичных промоторов, содержащих олиго dA-последовательности // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова.- Москва.- 2006.- T. 2, № 1.- C. 5-10.
      28. Kamzolova S.G., Osypov A.A., Dzhelyadin T.R., Beskaravainy P.M., Sorokin A.A. Context - Dependent Effects of Upstream A -Tracts on Promoter Electrostatic Properties and Function // Proceedings of the fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure..- Novosibirsk.- 2006.- Vol. 1.- P. 56-60.
      29. Sorokin A.A., Osypov A.A., Dzhelyadin T.R., Beskaravainy P.M., Kamzolova S.G. Electrostatic Properties of Promoter Recognized by E.сoli RNA Polymerase Esigma-70 // Journal Bioinformatics and Computational Biology.- 2006.- Vol. 4, № 2.- P. 455-467.
      30. Kamzolova, SG; Sorokin, AA; Osipov, AA; Beskaravainy, PM Some principles in the organization of sigma(70)-specific promoters on the E-coli genome on the basis of electrostatic patterns of promoter DNA // BIOFIZIKA.- MOSCOW: MEZHDUNARODNAYA KNIGA.- 2005.- Vol. 50, № 3.- P. 444-449.
      31. Камзолова С.Г., Сорокин А.А., Осипов А.А., Бескаравайный П.М. Общие закономерности формирования 70-специфичных промоторов в геноме E.coli на основе электростатических характеристик промоторной ДНК. // Биофизика.- 2005.- T. 50, № 3.- C. 444-449.
      32. Kamzolova S.G., Sorokin A.A., Beskaravainy P.M., Osypov A.A. Comparative analysis of electrostatic patterns for promoter and non promoter DNA in E.coli // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II / Eds. Kolchanov N. and Hofestaedt R..- Springer.- 2005.- Vol. 0, № 0.- P. 67-74.
      33. Sorokin A.A., Osypov A.A., Beskaravainy P.M., Kamzolova S.G. Electrostatic map of E.coli genome DNA. Specific features of electrostatic potential of promoter and nonpromoter regions // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2005.- Vol. 22, № 6.- P. 791-792.
      34. Kamzolova, SG; Sorokin, AA; Dzhelyadin, TD; Beskaravainy, PM; Osypov, AA Electrostatic potentials of E. coli genome DNA // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS.- ADENINE PRESS: SCHENECTADY.- 2005.- Vol. 23, № 3.- P. 341-345.
      35. Sorokin A.A., Osypov A.A., Beskaravainy P.M., Kamzolova S.G. Oligonucleotide analysis of E.coli promoters recognized by 70-RNA polymerase // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2005.- Vol. 22, № 6.- P. 821.
      36. Kamzolova, SG; Sorokin, AA; Osipov, AA; et al. Some principles in the organization of sigma(70)-specific promoters on the E-coli genome on the basis of electrostatic patterns of promoter DNA // BIOFIZIKA  2005 Volume: 50   Issue: 3   Pages: 444-449
      37. Kamzolova, S. G.; Sorokin, A. A.; Dzhelyadin, T. R.; et al. Analysis of oligonucleotide composition in DNA of E. coli genome and promoter sites // : Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Vol 1  Pages: 77-79   Published: 2004
      38. Kamzolova, S. G.; Sorokin, A. A.; Dzhelyadin, T. R.; et al. Electrostatic properties of E-coli genome DNA // Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Vol 1  Pages: 80-82   Published: 2004
      39. Sorokin A.A., Dzhelyadin T.R., Ivanova N.N., Sivozhelezov V.S., Polozov R.V., Kamzolova S.G. Electrostatic potential of double helix as a new promoter determinant.Classification of Escherichia coli promoter sequences // Proc. Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002).- 2002.- Vol. 3.- P. 145-147.
      40. Dzhelyadin T.R., Sorokin A.A., Ivanova N.N., Sivozhelezov V.S., Polozov R.V., Kamzolova S.G. The effect of nucleotide changes on DNA electrostatic properties // Proc. Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002).- 2002.- Vol. 3.- P. 126-128.
      41. Камзолова С.Г., Сорокин А.А., Джелядин Т.Р., Иванова Н.Н., Полозов Р.В. Доменная организация субъединицы РНК-полимеразы E.coli (Eσ70) и регуляция активности промоторов ранних генов ДНК фагов Т4 и Т7 // Математика. Компьютер. Образование Сб. тр.VIII Междунар. конф.- Москва: Прогресс-Традиция.- 2001.- T. 0, № 8.- C. 538-540.
      42. Джелядин Т.Р., Сорокин А.А., Иванова Н.Н., Сивожелезов В.С., Камзолова С.Г., Полозов Р.В. Особенности электростатического взаимодействия РНК-полимеразы E.coli с промоторами ДНК фага Т4 // Биофизика.- 2001.- T. 46, № 6.- C. 1022-1026.
      43. Sorokin A.A., Dzhelyadin T.R., Ivanova N.N., Polozov R.V., Kamzolova S.G. The quest for new forms of promoter determinants.Relationship of promoter nucleotide sequences to their electrostatic potential distribution // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2001.- Vol. 18, № 6.- P. 1020.
      44. Сорокин А.А. Функциональный анализ промоторных последовательностей E.coli.Новые промоторные детерминанты Автореферат дисс…канд.физ // Автореферат дисс...канд. физ.-мат. наук.- Пущино.- 2001.- T. 0, № 0.- C. 18.
      45. Dzhelyadin T.R., Sorokin A.A., Sivozhelezov V.S., Ivanova N.N., Polozov R.V., Kamzolova S.G. New Approaches in Studying RNA-polymerase-Promoter Recognition Code // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2001.- Vol. 18, № 6.- P. 992-993.
      46. Kamzolova S.G, Sivozhelezov V.S, Sorokin A.A, Dzhelyadin T.R, Ivanova N.N, Polozov R.V. RNA polymerase-Promoter recognition.Specific features of electrostatic potential of "early" T4 phage DNA promoters // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2000.- Vol. 18, № 3.- P. 325-334.
      47. Камзолова С.Г., Иванова Н.Н., Сорокин А.А., Камзалов С.С. Промоторная специфичность мутантной rpoB403 РНК-полимеразы Escherichia coli // Доклады РАН.- 2000.- T. 372, № 2.- C. 257-259.
      48. Dzhelyadin T.R,., Sorokin A.A., Ivanova N.N., Sivozhelezov V.S., Kamzolova S.G., Polozov R.V. RNA-polymerase - promoter recognition.Specific features of electrostatic potential of "early" T4 phage DNA promoters // Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc: Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- 2000.- Vol. 2.- P. 128-130.
      49. Polosov R.V.,Dzhelyadin T.R.,Sorokin A.A.,Ivanowa N.N.,Sivozhelezov V.S.,Kamzolova S.G. Electrostatic potentials of DNA.Comparative analysis of promoter and nonpromoter nucleo-tide sequences // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 1999.- Vol. 16, № 6.- P. 1135-114
      50. Сорокин А.А., Джелядин Т.Р., Иванова Н.Н., Сивожелезов В.С., Полозов Р.В., Камзолова С.Г. Электростатические свойства промоторных последовательностей ДНК // Математика. Компьютер. Образование: Сб. трудов VI Международной конференции.- Москва: Прогресс-Традиция.- 1999.- T. 0, № 2.- C. 401-404.

      Список статей
      Список грантов
      Диссертации
      Патенты
      Библиометрический анализ
      Научно-методическая деятельность

       

      НАЗАД К ОБЩЕЙ ИНФОРМАЦИИ ПО ШКОЛЕ

 

ПОИСК НАУЧНЫХ ШКОЛ

ПОИСК ПУБЛИКАЦИЙ
 

©Центральная библиотека Пущинского научного центра РАН