Ольга Николаевна Озолинь

проф., док. биол. наук

зав. лаб. функциональной геномики и клеточного стресса ИБК РАН

 

Список статей

  1. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Деев А.А., Озолинь О.Н. Сравнительный анализ встречаемости нуклеотидных W-треков и S-треков в геномах умеренно GC-богатых микроорганизмов // Математика. Компьютер. Образование: Биофизика сложных систем. Анализ и моделирование.Тезисы международной школы-конференции.- Ижевск.- 2011.- C. 71.
  2. Kiselev S.S., Purtov Yu.A, Ozoline O.N. Unified promoter-search algorithm as a novel tool for annotation of bacterial genomes // Proceedings of the 3rd International conference on Mathematical biology and Bioinformatics.- Puschino.- 2010.- P. 91-92.
  3. Shvyreva U.S., Tutukina M.N., Ozoline O.N. Study of bacterioferritin properties under microwave irradiation to develop the basis for controllable interaction with DNA // Proceedings of 2nd International Congress-Partnering&Exhibition on Biotechnology and Bioenergy.- Moscow.- 2010.- P. 359-360.
  4. Тутукина М.Н., Шавкунов К.С., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Антисмысловая транскрипция в локусе hns Escherichia coli // Молекулярнаябиология.- 2010.- T. 44, № 3.- C. 497-506.
  5. Швырева У.С., Тутукина М.Н., Озолинь О.Н. Изменение активности промоторов регуляторной области гена DPS в клетках E.coli под действием ЭМИ СВЧ // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 14-й Пущинской школы-конференции молодых ученых .- Москва.- 2010.- T. 2.- C. 202.
  6. Швырева У.С., Тутукина М.Н., Озолинь О.Н. Исследование свойств бактериоферритина под действием электромагнитного излучения с целью создания основ для управляемого взаимодействия с ДНК // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 14-й Пущинской школы-конференции молодых ученых .- Москва.- 2010.- T. 1.- C. 303-304.
  7. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Распределение мононуклеотидных повторов в бактериальных хромосомах: А/Т-треки преобладают над GK-nhtrfvb // Математика. Компьютер. Образование: Тезисы 17-ой Международной Конференции.- 2010.- C. 242.
  8. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Распределение мононуклеотидных повторов в бактериальных хромосомах A/T-треки преобладают над G/C-треками // Компьютерные исследования и моделирование.- 2010.- T. 2.- C. 183-187.
  9. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Озолинь О.Н. В бактериальных хромосомах мононуклеотидные А/T-треки преобладают над G/C/-треками // Биология – наука XXI века. XIV конференция молодых ученых .- Пущино.- 2010.- C. 143.
  10. Ozoline O.N., Purtov Yu.A. From species-specific towards universal Promoter Finders // Proceedings of 2nd International Congress-Partnering&Exhibition on Biotechnology and Bioenergy.- Москва.- 2010.- P. 330-331.
  11. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Ассиметрия в распределении мононуклеотидных повторов в геномах прокариот // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 13-й пущинской школы-конференции молодых ученых .- Пущино.- 2009.- C. 22.
  12. Shavkunov, KS; Masulis, IS; Tutukina, MN; Deev, AA; Ozoline, ON Gains and unexpected lessons from genome-scale promoter mapping // Nucleic Acids Research.- OXFORD: OXFORD UNIV PRESS.- 2009.- Vol. 37, № 15.- P. 4919-4931.
  13. Ашихмина А.А., Озолинь О.Н. Транскрипционный профиль оперона opp ABCDF // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 13-й пущинской школы-конференции молодых ученых .- Пущино.- 2009.- C. 7.
  14. Гриценко Е.П., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Функциональные взаимоотношения тандемных промоторов: особенности инициации транскрипции в генетическом локусе YMJA/SAPA // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 13-й пущинской школы-конференции молодых ученых .- Пущино.- 2009.- C. 13.
  15. Озерова М.В., Озолинь О.Н. Бактериальные факторы транскрипции, регулирующие инициацию и элонгацию через вторичный канал РНК полимеразы // Естественные и технические науки.- 2009.- № 4.- C. 65-69.
  16. Ozoline O. Exhaustive mapning of RNApolimerase residence sites using, promoter-search software and ChIP-on-chip data // Математическая биология и биоинформатика: Докл.2 Международн. Конференции.- Москва.- 2008.- P. 90-91.
  17. Антипов с с , Курганов К.В., Чемерис Н.К., Озолинь О.Н. Бактериоферритин как биосенсор и наноструктура. // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова.- Москва.- 2008.- T. 3.- C. 40-44.
  18. Масулис И.С., Озолинь О.Н. Видоспецефичные особенности бактериальных промоторов: роль локальных, электростатических свойств ДНК // Математическая биология и биоинформатика: Докл.2 Международн. Конференции.- 2008.- C. 88-89.
  19.  Shavkunov K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N. Intragenic promoter within escherichia coli tyrR gene. Prediction and experimental verification // Proceedings of EMBO Conference "Functional genomics of microorganisms".- 2008.- P. 196.
  20. Tutukina M.N., Masulis I.S., Ozoline O.N. Transcription profile of the uxuR gene // Proceedins of EMBO Conference "Functional genomics of microorganisms".- Paris, France.- 2008.- P. 212.
  21. Тутукина М.Н., Шавкунов К.С., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Оценка транскрипционной активности внутригенных промоторов E.coli // Организация и регуляция физиолого-биохимических процессов: Межрегиональный сборник научных трудов.- Воронеж.- 2007.- T. 0, № 9.- C. 207-211.
  22. Tutukina M.N., Shavkunov K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N. Intragenic promoter-like sites in the genome of Escherichia coli. Discovery and functional implication // Journal Bioinformatics and Computational Biology.- 2007.- Vol. 5.- P. 549-560.
  23. Lukyanov V.I., Tutukina M.N., Shavkunov K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N. Deciphering antisense regulation in bacteria // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS.- ADENINE PRESS: SCHENECTADY.- 2007.- Vol. 24, № 6.- P. 740-742
  24. Masulis I.S., Tutukina M.N., Shavkunov K.S., Lukyanov V.I., Ozoline O.N. RNA polymerase resident sites in bacterial genomes: multiple occurrence and putative function // Proc. 3-rd Moscow Conference on computational molecular biology.- Moscow.- 2007.- Vol. 0, № 0.- P. 199-201.
  25. Shavkunov K., Masulis I., Matushkin Y., Ozoline O. Alternative transcription within prokaryotic genes predicted by promoter-search software // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II / Eds. Kolchanov N. and Hofestaedt R..- Springer.- 2006.- Vol. 0.- P. 150-155.
  26. Тутукина М.Н., Шавкунов К.С., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Транскрипционный профиль генетического локуса E. coli ,содержащего ген sapA // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 10-й пущинской школы-конференции молодых ученых.- Пущино.- 2006.- C. 55-56.
  27. Tutukina M., Masulis I., Ozoline O. Towards the identification of aRNAs within genes of transcription regulators // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II / Eds. Kolchanov N. and Hofestaedt R..- Springer.- 2006.- Vol. 1.- P. 188-192.
  28. Тутукина М.Н., Шавкунов К.С., Масулис И.С., Озолинь О.Н. Поиск промоторов для антисмысловой транскрипции в генах регуляторных белков E.coli // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 10-й пущинской школы-конференции молодых ученых.- Пущино.- 2006.- C. 56.
  29. Озолинь О.Н., Шавкунов К.С., Тутукина М.Н. Регуляторы генной экспрессии у бактерий: белковые факторы транскрипции и нетранслируемые РНК // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова.- Москва.- 2005.- T. 1, № 0.- C. 56-65.
  30. Ozoline O.N., Deev A.A. Functional interplay of structure-specific and sequence-specific elements in the bacterial promoters // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2005.- Vol. 22.- P. 796-797.
  31. Brok-Volchanski A.S., Masulis I.S., Shavkunov K.S., Lukyanov V.I., Purtov Yu.A., Kostyanicina E.G., Deev A.A., Ozoline O.N. Predicting sRNA genes in the genome of E.coli by the promoter-search algorithm PlatProm // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II / Eds. Kolchanov N. and Hofestaedt R..- Springer.- 2005.- Vol. 0.- P. 11-20.
  32. Purtov Yu.A., Ishihama A., Ozoline O.N. Free dimers of E.coli RNA polymerase subunits as a potential transcription regulators // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2005.- Vol. 22, № 6.- P. 796.
  33. Kostyanicina E.G., Masulis I.S., Ozoline O.N. Local DNA structural features in the contact region with E.coli RNA polymerase subunits affect transcription complex formation // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2005.- Vol. 22.- P. 806.
  34. Ozoline, ON; Purtov, YA; Brok-Volchanski, AS; Deev, AA; Lukyanov, VI Specificity of DNA-protein interactions within transcription complexes of Escherichia coli // MOLECULAR BIOLOGY.- MAIK NAUKA/INTERPERIODICA: NEW YORK.- 2004.- Vol. 38, № 5.- P. 663-673.
  35. Озолинь О.Н., Деев А.А., Масулис И.С., Часов В.В., Костяницына Е.Г., Пуртов Ю.А., Архипов И.В., Брок-Волчанский А.С. Уровни структурной организации промоторной ДНК Escherichia coli // Биофизика.- 2002.- T. 47, № 5.- C. 809-819.
  36. Ozoline, ON; Deev, AA; Masulis, IS; Chasov, VV; Kostyanitsina, EG; Purtov, YA; Arkhipov, IV; Brok-Volchanskii, AS Levels in the structural organization of Escherichia coli promoter DNA // BIOFIZIKA.- MOSCOW: MEZHDUNARODNAYA KNIGA.- 2002.- Vol. 47, № 5.- P. 809-819.
  37. Брок-Волчанский А.С. Озолинь О.Н. Аннотация промоторов E. Coli: весовые матрицы для текстовых и позиционных параметров // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 6-й пущинской конференции молодых ученых.- Пущино.- 2002.- C. 220.
  38. Костяницина Е.Г., Масулис И.С., Часов В.В., Озолинь О.Н. Роль гибких звеньев промотора во взаимодействии с σ-субъединицей РНК-полимеразы E.coli // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 6-й пущинской конференции молодых ученых.- Пущино.- 2002.- C. 265-266.
  39. Пуртов Ю.А., Масулис И.В., Часов В.В., Озолинь О.Н. Взаимодействие изолированной σ-субъединицы РНК-полимеразы E.coli промоторной ДНК // Биология - наука 21 века: Тезисы докладов 6-й пущинской конференции молодых ученых.- Пущино.- 2002.- C. 305.
  40. Chasov, VV; Deev, AA; Masulis, IS; Ozoline, ON Distribution and functional significance of A/T tracts in promoter sequences of Escherichia coli // MOLECULAR BIOLOGY.- MAIK NAUKA/INTERPERIODICA: NEW YORK.- 2002.- Vol. 36, № 4.- P. 537-542.
  41. Ozoline O.N., Fujita N., Ishihama A. Genome-wide expression profiling of Escherichia coli W3110: microarray and statistic analysis of heat-shock regulons // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II / Eds. Kolchanov N. and Hofestaedt R..- Springer.- 2002.- Vol. 2.- P. 189-191.
  42. Часов В.В., Деев А.А., Масулис И.С., Озолинь О.Н. АТ-трек в структуре промоторов E.coli характер распределения и функциональное значение // Молекулярная биология.- 2002.- T. 36, № 0.- C. 682-688.
  43. Masulis, IS; Buckin, VA; Ozoline, ON Flexible elements in the structure of promoter DNA as probed by cationic surfactant binding // JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS.- ADENINE PRESS INC: GUILDERLAND.- 2002.- Vol. 19, № 5.- P. 919-927.
  44.  Ozoline, ON; Fujita, N; Ishihama, A Mode of DNA-protein interaction between the C-terminal domain of Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit and T7D promoter UP element // Nucleic Acids Research.- OXFORD: OXFORD UNIV PRESS.- 2001.- Vol. 29, № 24.- P. 4909-4919
  45. Ozoline O.N., Masulis I.S., Buckin V.A. Deformable elements in the promoter DNA as a basis for adaptive conformational transitions // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 2001.- Vol. 18.- P. 1002-1003.
  46. Masulis, IS; Chasov, VV; Kostyanitsyna, EG; Purtov, YA; Ozoline, ON Sequence-determined conformational changes downstream of the promoter DNA on transcription complex formation // MOLECULAR BIOLOGY.- MAIK NAUKA/INTERPERIODICA: NEW YORK.- 2001.- Vol. 35, № 6.- P. 849-852.
  47. Ozoline O.N., Fujita N., Ishihama A. Transcription activation mediated by the carboxyl-terminal domain of RNA polymerase -subunit.Multipoint monitoring by fluorescent probe // The Journal of Biological Chemistry.- 2000.- Vol. 275, № 2.- P. 1119-1127.
  48. Masulis I.S., Chasov V.V., Ozoline O.N Associated with repeated elements structural deformation of promoter DNA upon transcription complex formation // Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc: Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- 2000.- Vol. 1, № 0.- P. 78-80.
  49. Chasov V.V., Masulis I.S..Ozoline O.N. AT-traces in the initially transcribed regions of bacterial promoters.Putative functional significance // Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc: Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- 2000.- Vol. 1.- P. 145-146.
  50. Ozoline O.N., Deev A.A., Arkhipov I.V. Non-canonical sequence elements as additional signals in promoter recognition by E.coli RNA polymerase // Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc: Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure "BGRS'2000" Proc.- 2000.- Vol. 1.- P. 138-140.
  51. Ozoline O.N., Fujita N., Ishihama A. Functional topology of the bacterial RNA polymerase.Multipoint monitoring by a fluorescent probe // Spectroscopy of Biolog. Moleculesnew directions 8th Europ.confer..- Netherlands. Enschede.- 1999.- Vol. 0.- P. 87-88.
  52. Ozoline O.N., Deev A., Arkhipova M., Chasov V., Travers A. Proximal transcribed regions of bacterial promoters have non-random distribution of AT-tracts // Nucleic Acids Research.- OXFORD: OXFORD UNIV PRESS.- 1999.- Vol. 27, № 26.- P. 4768-4774.
  53. Ozoline O.N., Deev A.A., Trifonov E.N. DNA bendability - a novel feature in E.coli promoter recognition // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics .- 1999.- Vol. 16, № 4.- P. 825-831.
  54. Озолинь О.Н. Неканонические элементы нуклеотидной последовательности бактериальных промоторов и их роль в формировании транскрипционного комплекса. Автореферат дисс....доктора биол.наук // Автореферат дисс…канд.биол.наук.- Пущино.- 1999.- T. 0, № 0.- C. 32.
  55. Ozoline O.N., Fujita N., Murakami K., Ishihama A. Monitoring of RNA polymerase-DNA UP element interaction by a fluorescent probe conjugated to σ-subunit // European Journal of Biochemistry .- 1998.- Vol. 253, № 2.- P. 371-381.
  56. Miyake R., Murakami K., Owens J.T., Greiner D.P., Ozoline O.N., Ishihama A., Meares C.F. Dimeric association of E.coli RNA polymerase alpha subunits, studied by cleavage of single-cysteine alpha subunits conjugated to iron -(S)-1-[P-(bromoacetamido)-benzyl]-ethylene diaminetetraacetate // Biochemistry.- 1998.- Vol. 37, № 5.- P. 1344-1349.
  57. Масулис И.С., Часов В.В., Костяницына Е.Г., Озолинь О.Н. Некоторые аспекты белково-нуклеинового узнавания в процессе инициации транскрипции // Молекулярная биология.- 1998.- T. 32, № 4.- C. 598-602.
  58. Озолинь О.Н., Деев А.А. Неканонические структурные элементы промоторной ДНК и их роль в комплексообразовании с РНК-полимеразой // Молекулярная биология.- 1998.- T. 32, № 3.- C. 441-446.
  59. Ozoline O.N., Murakami K., Negishi T., Fujita N., Ishihama A. Specific fluorescent labeling of two functional domains in RNA polymerase alpha subunit // Proteins structure, function and genetics.- 1998.- Vol. 30, № 2.- P. 183-192.
  60. Ozoline O.N, Masulis I.S, Chasov V.V, Ishihama A. Functional topology of the bacterial RNA polymerase // Spectroscopy of Biological Molecules: modern trends.- Dortrecht-Boston-London: Kluwer Academic Press.- 1997.- Vol. 0.- P. 163-164.
  61. Ozoline O.N., Deev A.A, Arkhipova M.V. Non-canonical sequence elements in the promoter structure.Cluster analysis of promoters recognized by E.coli RNA polymerase // Nucleic Acids Research.- OXFORD: OXFORD UNIV PRESS.- 1997.- Vol. 25, № 23.- P. 4703-4709.
  62. Озолинь О.Н., Соломатина А.С. Влияние гуанозинтетрафосфата на конформационное состояние РНК-полимеразы E.coli и ее функционирование на промоторах tyrT, T7D, T7A1 // Известия РАН. Сер. химическая.- 1995.- T. 0, № 7.- C. 1375-1380.
  63. Озолинь О.Н., Масулис И.С., Часов В.В., Демина Н.Н., Камзолова С.Г. Структурно-функциональный анализ промотора Т7D и его комплекса с РНК-полимеразой E.coli // Известия РАН. Сер. химическая.- 1995.- T. 0, № 7.- C. 1369-1374.
  64. Masulis I.S., Ozoline O.N., Chasov V.V. Structural-functional relationship in T7D promoter functioning // Karadeniz Journal of Medical Sciences.- 1995.- Vol. 8, № 4.- P. 194-195.
  65. Ozoline O.N., Tsyganov M.A. Structure of open promoter complexes with E.coli RNA poly-merase as revealed by DNAse 1 footprinting technique.Compilation analysis // Nucleic Acids Research.- OXFORD: OXFORD UNIV PRESS.- 1995.- Vol. 23, № 22.- P. 4533-4541.
  66. Ozoline O.N., Uteshev T.A., Masulis I.S., Kamzolova S.G. Interaction of bacterial RNA poly-merase with two different promoters of phage T7 DNA.Conformational analysis // BBA.- 1993.- Vol. 1172, № 3.- P. 251-261.
  67. Ozoline O.N., Uteshev T.A., Kamzolova S.G. Specific modification of Escherichia coli RNA polymerase with monomercury derivative of fluorescein acetate // BBA.- 1991.- Vol. 1076, № 3.- P. 387-394.

Список статей
Список грантов
Диссертации
Патенты
Библиометрический анализ
Научно-методическая деятельность

 

НАЗАД К ОБЩЕЙ ИНФОРМАЦИИ ПО ШКОЛЕ

 

ПОИСК НАУЧНЫХ ШКОЛ

ПОИСК ПУБЛИКАЦИЙ
 

©Центральная библиотека Пущинского научного центра РАН