Финкельштейн Алексей Витальевич

член-кор. РАН, про., док. физ.-мат. наук,

зав. лаб. физ. белка ИБ РАН

 

Список статей

  1. Барышникова (Саматова) ЕН, Мельник БС, Балобанов ВА, Катина НС, Финкельштейн АВ, Семисотнов ГВ, Бычкова ВЕ О роли некоторых консервативных и неконсервативных аминокислотных остатков в переходном состоянии и в интермедиате сворачивания апомиоглобина // Молекуляр. биология.- 2009.- T. 43, № 1.- C. 136-147.
  2. Болотина ИА, Чехов ВО, Лугаускас ВЮ, Финкельштейн АВ, Птицын ОБ Определение вторичной структуры белков из спектров кругового дихроизма. I. Белковые реперные спектры для альфа-, бета- и нерегулярной структур // Молекуляр. биология.- 1980.- T. 14, № 4.- C. 891-901.
  3. Галзитская ОВ, Иванков ДН, Финкельштейн АВ Нуклеация и скорость сворачивания в белках // Молекуляр. биология.- 2001.- T. 35, № 4.- C. 708-717.
  4. Галзитская ОВ, Рева БА, Финкельштейн АВ Достижение белковой цепью энергетического минимума не требует полного перебора конформаций: компьютерный эксперимент и феноменологическая теория // Молекуляр. биология.- 1994.- T. 28, № 6.- C. 1412-1427.
  5. Галзитская ОВ, Финкельштейн АВ Физика и физическая химия биополимеров // Молекуляр. биология.- 1995.- T. 29, № 2.- C. 317-325.
  6. Галзитская ОВ, Финкельштейн АВ Теоретическое исследование зависимости скорости сворачивания РНК-подобных гетерополимеров от длины цепи // Молекуляр. биология.- 1997.- T. 31, № 3.- C. 478-487.
  7. Гарбузинский СА, Финкельштейн АВ, Галзитская ОВ К вопросу о предсказании ядер сворачивания в глобулярных белках // Молекуляр. биология.- 2005.- T. 39, № 6.- C. 1032-1041.
  8. Гильманшин РИ, Долгих ДА, Птицын ОБ, Финкельштейн АВ, Шахнович ЕИ Белковые глобулы без уникальной пространственной структуры: экспериментальные данные для альфа- лактальбуминов и общая модель // Биофизика.- 1982.- T. 27, № 6.- C. 1005-1016.
  9. Гутин АМ, Бадретдинов АЯ, Финкельштейн АВ Почему статистика структурных элементов глобулярных белков похожа на статистику Больцмана? // Молекуляр. биология.- 1992.- T. 26, № 1.- C. 118-127.
  10. Денесюк АИ, Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Спиральная структура развернутых белковых цепей // Биофизика.- 1974.- T. 19, № 3.- C. 549-561.
  11. Долгих ДА, Кирпичников МП, Птицын ОБ, Федоров АН, Финкельштейн AВ, Чемерис ВВ Белок de novo с заданной пространственной структурой: новые подходы к конструированию и анализу // Молекуляр. биология.- 1992.- T. 26, № 6.- C. 1242-1250.
  12. Долгих ДА, Федоров АН, Чемерис ВВ, Финкельштейн АВ, Шульга АА, Габриэлян АЭ, Птицын ОБ, Кирпичников МП Искусственный белок с заданной пространственной структурой: дизайн, получение и исследование // Биотехнология.- 1992.- № 5.- C. 18-21.
  13. Долгих ДА, Федоров АН, Чемерис ВВ, Чернов БК, Финкельштейн АВ, Шульга АА, Алахов ЮБ, Кирпичников МП, Птицын ОБ Получение и исследование альбебетина, искусственного белка с заданной пространственной структурой // Докл. АН СССР.- 1991.- T. 320, № 5.- C. 1266-1269.
  14. Литвинов ИИ, Лобанов МЮ, Миронов АА, Финкельштейн АВ, Ройтберг МА Информация о вторичной структуре белка улучшает качество выравнивания // Молекуляр. биология.- 2006.- T. 40, № 3.- C. 533-540.
  15. Лобанов МЮ, Богатырева НС, Иванков ДН, Финкельштейн АВ Предсказания структур белков по аналогии. I. Новая база пространственно-сходных структур белковых доменов для тестирования и оптимизации методов предсказания // Молекуляр. биология.- 2009.- T. 43, № 4.- C. 722-732.
  16. Лобанов МЮ, Рыкунов ДС, Финкельштейн АВ Оценка качества приближения атом-атомных контактов аминокислотных остатков в белках контактами силовых центров этих остатков // Биофизика.- 1998.- T. 43, № 2.- C. 215-222.
  17. Лобанов МЮ, Финкельштейн АВ Предсказание структур белков по аналогии. II. Тестирование матриц замен и псевдопотенциалов, используемых при выравнивании первичных структур белков с пространственными // Молекуляр. биология.- 2009.- T. 43, № 4.- C. 733-740.
  18. Мурзин АГ, Финкельштейн АВ Многогранники, описывающие укладку спиралей в белковой глобуле // Биофизика.- 1983.- T. 28, № 5.- C. 905-911.
  19. Птицын ОБ, Долгих ДА, Гильманшин РИ, Шахнович ЕИ, Финкельштейн АВ Флуктуирующее состояние белковой глобулы // Молекуляр. биология.- 1983.- T. 17, № 3.- C. 569-576.
  20. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Связь вторичной структуры глобулярных белков с их первичной структурой // Биофизика.- 1970.- T. 15, № 5.- C. 757-768.
  21. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Предсказание спиральных участков глобулярных белков по их первичной структуре // Докл. АН СССР.- 1970.- T. 195, № 1.- C. 221-224.
  22. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Механизм самоорганизации третичной структуры глобулярных белков // Биоорган. химия.- 1978.- T. 4, № 3.- C. 349-353.
  23. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Сворачивание и топология параллельной бета-структуры // Биофизика.- 1979.- T. 24, № 1.- C. 27-31.
  24. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Проблема предсказания структуры белка // Итоги науки и техники. Сер. "Молекулярная биология".- Москва: ВИНИТИ.- 1979.- T. 15.- C. 6-41.
  25. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ Направленный механизм самоорганизации белков: обобщенная модель // Кристаллография.- 1981.- T. 26, № 5.- C. 1066-1073.
  26. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ, Добсон КМ Самоорганизация белковых структур - мост между физикой и биологией // Молекуляр. биология.- 1999.- T. 33, № 6.- C. 1012-1015.
  27. Птицын ОБ, Финкельштейн АВ, Мурзин АГ Предсказание пространственной структуры альфа- и бета- интерферонов // Молекуляр. биология.- 1986.- T. 20, № 1.- C. 21-28.
  28. Рыкунов ДС, Лобанов МЮ, Финкельштейн АВ Применение структурных каркасов глобулярных белков для опознавания укладки белковых цепей по их аминокислотным последовательностям // Молекуляр. биология.- 1998.- T. 32, № 3.- C. 521-532.
  29. Скугарев АВ, Галзитская ОВ, Финкельштейн АВ Поиск ядер сворачивания в пространственных структурах белков // Молекуляр. биология.- 1999.- T. 33, № 6.- C. 1016-1026.
  30. Финкельштейн А Как построить белок: в поисках решения молекулярной головоломки // Наука и жизнь.- 2006.- № 1.- C. 5-9.
  31. Финкельштейн АВ Обратная связь между первичной и вторичной структурой глобулярных белков // Докл. АН СССР.- 1972.- T. 207, № 6.- C. 1486-1489.
  32. Финкельштейн АВ Конформационные переходы в гомополимере, образующем регулярные и нерегулярные вторичные структуры нескольких типов // Докл. АН СССР.- 1975.- T. 222, № 6.- C. 1453-1455.
  33. Финкельштейн АВ Одномерная модель Изинга для полипептидной цепи, образующей локальные вторичные структуры нескольких типов // Докл. АН СССР.- 1975.- T. 223, № 3.- C. 744-747.
  34. Финкельштейн АВ Стереохимический анализ вторичной структуры полипептидной цепи при помощи пространственных моделей Курто. I. Разрешенные конформации дипептидов // Молекуляр. биология.- 1976.- T. 10, № 3.- C. 507-513.
  35. Финкельштейн АВ Электростатические взаимодействия заряженных групп в водной среде и их влияние на образование вторичных структур полипептидной цепи // Молекуляр. биология.- 1977.- T. 11, № 4.- C. 811-819.
  36. Финкельштейн АВ Кинетика образования антипараллельной бета-структуры // Биоорган. химия.- 1978.- T. 4, № 3.- C. 340-344.
  37. Финкельштейн АВ Вторичная структура развернутой белковой цепи // Биоорган. химия.- 1978.- T. 4, № 3.- C. 345-348.
  38. Финкельштейн АВ Можно ли "привить" к белковой глобуле "чужой" активный центр? // Биополимеры и клетка.- 1989.- T. 5, № 1.- C. 89-93.
  39. Финкельштейн АВ, Бадретдинов АЯ Физические причины быстрой самоорганизации стабильной пространственной структуры белков: решение парадокса Левинталя // Молекуляр. биология.- 1997.- T. 31, № 3.- C. 469-477.
  40. Финкельштейн АВ, Бадретдинов АЯ, Птицын ОБ Физические принципы стабильности альфа-спиралей в коротких пептидах: сравнение теории вторичной структуры с экспериментом // Структура и биосинтез белков.- Пущино.- 1988.- T. 3.- C. 46-51.
  41. Финкельштейн АВ, Галзитская ОВ Скорость сворачивания и стабильность нативной структуры в "случайных" и "отредактированных" цепях // Молекуляр. биология.- 1996.- T. 30, № 1.- C. 145-155.
  42. Финкельштейн АВ, Иванков ДН, Галзитская ОВ Предсказание скоростей и ядер сворачивания глобулярных белков на основе теории их самоорганизации // Успехи биологической химии.- Пущино: ОНТИ ПНЦ РАН.- 2005.- T. 45.- C. 3-36.
  43. Финкельштейн АВ, Кирпичников МП, Птицын ОБ, Скрябин КГ Конструирование белковых молекул // Вестн. АН СССР.- 1988.- № 3.- C. 102-111.
  44. Финкельштейн АВ, Птицын ОБ Теория самоорганизации вторичной структуры белков: зависимость структуры нативной глобулы от вторичной структуры развернутой цепи // Докл. АН СССР.- 1978.- T. 242, № 5.- C. 1226-1228.
  45. Финкельштейн АВ, Птицын ОБ Почему белковые цепи вписываются в узкий набор стандартных структур? // Структура и биосинтез белков.- Пущино.- 1988.- T. 3.- C. 10-45.
  46. Финкельштейн АВ, Птицын ОБ, Бендско П Сворачивание и топология антипараллельной бета- структуры // Биофизика.- 1979.- T. 24, № 1.- C. 21-26.
  47. Финкельштейн АВ, Рева БА Определение хода цепи глобулярных белков методом самосогласованного поля // Биофизика.- 1990.- T. 35, № 3.- C. 402-406.
  48. Финкельштейн АВ, Рыкунов ДС, Лобанов МЮ, Бадретдинов АЯ, Рева БА, Сколник Д, Мирный ЛА, Шахнович ЕИ Как и когда отдаленные гомологи могут превозмочь погрешности энергетических оценок и сделать возможным предсказание пространственных структур белков // Биофизика.- 1999.- T. 44, № 6.- C. 980-991.
  49. Финкельштейн АВ, Шахнович ЕИ Теория кооперативных переходов в белковых молекулах. II. Диаграмма состояний белковой молекулы в растворе // Структура и биосинтез белков.- Пущино.- 1988.- T. 3.- C. 70-86.
  50. Финкельштейн_АВ Стереохимический анализ вторичной структуры полипептидной цепи при помощи пространственных моделей Курто. II. Водородные и гидрофобные связи // Молекуляр. биология.- 1976.- T. 10, № 4.- C. 879-886.
  51. Шахнович ЕИ, Финкельштейн АВ К теории кооперативных переходов в белковых глобулах // Докл. АН СССР.- 1982.- T. 267, № 5.- C. 1247-1250.
  52. Шахнович ЕИ, Финкельштейн АВ Теория кооперативных переходов в белковых молекулах. I. Почему денатурация глобулярного белка является фазовым переходом первого рода? // Структура и биосинтез белков.- Пущино.- 1988.- T. 3.- C. 52-69.
  53. Лобанов М.Ю., Финкельштейн А.В. Предсказание структур белков по аналогии. III. Оптимизация комбинации матриц замен и псевдо-потенциалов, используемых при выравнивании первичных структур белков с пространственными // Молекулярная биология.- 2010.- T. 44, № 1.- C. 120-129.
  54. Переяславец Л.Б., Финкельштейн А.В. Силовое поле FFSo1 для расчета взаимодействий молекул в водном окружении // Молекулярная биология.- 2010.- T. 44, № 2.- C. 340-354.
  55. Badretdinov AY, Finkelstein  AV How homologs can help to predict protein folds even though they cannot be predicted for individual sequences // J. Comput. Biol..- 1998.- Vol. 5, № 3.- P. 369-376.
  56. Baryshnikova EN, Melnik BS, Finkelstein  AV, Semisotnov GV, Bychkova VE Three-state protein folding: experimental determination of three-energy profile // Protein Sci..- 2005.- Vol. 14, № 10.- P. 2658-2667.
  57. Bogatyreva NS, Finkelstein  AV, Galzitskaya OV Trends of amino acid composition of proteins of different taxa // J. Bioinform. Comput. Biol..- 2006.- Vol. 4, № 2.- P. 597-608.
  58. Chemeris VV, Dolgikh DA, Fedorov AN, Finkelstein  AV, Kirpichnikov MP, Uversky VN, Ptitsyn OB A new approach to artificial and modified proteins: theory-based design, synthesis in a cell-free system and fast testing of structural properties by radiolabels // Protein Eng..- 1994.- Vol. 7, № 8.- P. 1041-1052.
  59. ChothiaC, Finkelstein  AV The classification and origins of protein folding patterns // Annual review of biochemistry.- Palo Alto: ANNUAL REVIEWS INC.- 1990.- Vol. 59.- P. 1007-1039.
  60. Fedorov AN, Dolgikh DA, Chemeris VV, Chernov BK, Finkelstein  AV, Schulga AA, Alakhov YB, Kirpichnikov MP, Ptitsyn OB De novo design, synthesis and study of albebetin, a polypeptide with a predetermined three-dimensional structure. Probing the structure at the nanogram level // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1992.- Vol. 225, № 4.- P. 927-931.
  61. Finkelstein  AV Physical selection of protein structures // Protein folding, evolution and design:.- Amsterdam o.o..- 2001.- P. 249-265.
  62. Finkelstein  AV Did the primitive ribosomal RNA code primitive ribosomal protein? // FEBS Letters.- 1977.- Vol. 82, № 2.- P. 169-171.
  63. Finkelstein  AV Fluctuating secondary structure formation during the first step of protein self-organization // Biomolecular structure, conformation, function and evolution.- Oxford a.o..- 1981.- Vol. 2.- P. 103-110.
  64. Finkelstein  AV Rate of beta-structure formation in polypeptides // Proteins.- 1991.- Vol. 9, № 1.- P. 23-27.
  65. Finkelstein  AV Implications of the random characteristics of protein sequences for their three-dimensional structure // Curr. Opinion Struct. Biol..- 1994.- Vol. 4, № 3.- P. 422-428.
  66. Finkelstein  AV Predicted beta-structure stability parameters under experimental test // Protein Eng..- 1995.- Vol. 8, № 2.- P. 207-209.
  67. Finkelstein  AV Protein structure: what is it possible to predict now? // Curr. Opinion Struct. Biol..- 1997.- Vol. 7, № 1.- P. 60-71.
  68. Finkelstein  AV Can protein unfolding simulate protein folding? // Protein Eng..- 1997.- Vol. 10, № 8.- P. 843-845.
  69. Finkelstein  AV 3D protein folding: Homologs against errors - a simple estimate based on the random energy model // Phys. Rev. Lett..- 1998.- Vol. 80, № 21.- P. 4823-4825.
  70. Finkelstein  AV Cunning simplicity of hierarchical folding // J. Biomol. Structure and Dyn..- 2002.- Vol. 20, № 3.- P. 311-313.
  71. Finkelstein  AV Average and extreme multi-atom Van der Waals interactions: strong coupling of multi-atom Van der Waals interactions with covalent bonding // Chemistry Central J. (on-line).- 2007.- Vol. 1.- P. Art. 21.
  72. Finkelstein  AV, Badretdinov AY Rate of protein folding near the point of thermodynamic equilibrium between the coil and the most stable chain fold // Fold. Des..- 1997.- Vol. 2, № 2.- P. 115-121.
  73. Finkelstein  AV, Badretdinov AY, Gutin AM Why do protein architectures have Boltzmann-like statistics? // Proteins.- 1995.- Vol. 23, № 2.- P. 142-150.
  74. Finkelstein  AV, Badretdinov AY., Ptitsyn OB Physical reasons for secondary structure stability: alpha-helices in short peptides // Proteins.- 1991.- Vol. 10, № 4.- P. 287-299.
  75. Finkelstein  AV, Badretdinov AYu, Ptitsyn OB Short alpha-helix stability // NATURE.- LONDON: MACMILLAN MAGAZINES LTD.- 1990.- Vol. 345, № 6273.- P. 300.
  76. Finkelstein  AV, Bendzko P, Rapoport TA Recognition of signal sequences // FEBS Letters.- 1983.- Vol. 161, № 2.- P. 176-179.
  77. Finkelstein  AV, Galzitskaya OV Physics of protein folding // Physics of Life Reviews.- 2004.- Vol. 1, № 1.- P. 23-56.
  78. Finkelstein  AV, Gutin AM, Badretdinov AY Why are the same protein fold used to perform different functions // FEBS Letters.- 1993.- Vol. 325, № 1-2.- P. 23-28.
  79. Finkelstein  AV, Gutin AM, Badretdinov AY Perfect temperature for protein structure prediction and folding // Proteins.- 1995.- Vol. 23, № 2.- P. 151-162.
  80. Finkelstein  AV, Gutin AM, Badretdinov AY Boltzmann-like statistics of protein architectures. Origins and consequences // Subcellular biochemistry.- New York: Plenum.- 1995.- Vol. 24.- P. 1-26.
  81. Finkelstein  AV, Ivankov DN, Garbuzynskiy SO, Galzitskaya OV Understanding the folding rates and folding nuclei of globular proteins // Curr. Protein Peptide Sci..- 2007.- Vol. 8, № 6.- P. 521-536.
  82. Finkelstein  AV, Ivankov DN, Garbuzynskiy SO, Galzitskaya OV Protein structure and its folding rate // Mathematical modelling of biosystems.- Heidelberg: Springer.- 2008.- P. 273-301.
  83. Finkelstein  AV, Kozitsyn SA, Ptitsyn OB Prediction of the three-dimensional structure for ribosomal protein L25 // FEBS Letters.- 1975.- Vol. 60, № 1.- P. 137-140.
  84. Finkelstein  AV, Nakamura H Weak point of antiparallel beta-sheets. How are they filled up in globular proteins // Protein Eng..- 1993.- Vol. 6, № 4.- P. 367-372.
  85. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB Statistical analysis of the correlation among amino acid residues in helical, beta-structural and non- regular region of globular proteins // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1971.- Vol. 62, № 3.- P. 613-624.
  86. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB Theory of protein molecule self-organization. IV. Helical and irregular local structures of unfolded protein chains // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1976.- Vol. 103, № 1.- P. 15-24.
  87. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB Theory of protein molecule self-organization. I. Thermodynamic parameters of local secondary structures in the unfolded protein chain // Biopolymers.- 1977.- Vol. 16, № 3.- P. 469-495.
  88. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB Why do globular proteins fit the limited set of folding patterns // PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY.- 1987.- Vol. 50, № 3.- P. 171-190.
  89. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB, Bendzko P Folding and topology of beta-structural proteins // STUDIA BIOPHYSICA.- 1980.- Vol. 79.- P. 139-140.
  90. Finkelstein  AV, Ptitsyn OB, Kozitsyn SA Theory of protein molecule self-organization. II. A comparison of calculated thermodynamic parameters of local secondary structures with experiments // Biopolymers.- 1977.- Vol. 16, № 3.- P. 497-524.
  91. Finkelstein  AV, Reva BA A search for the most stable folds of protein chains // NATURE.- LONDON: MACMILLAN MAGAZINES LTD.- 1991.- Vol. 351, № 6326.- P. 497-499.
  92. Finkelstein  AV, Reva BA Search for the stable state of a short chain in a molecular field // Protein Eng..- 1992.- Vol. 5, № 7.- P. 617-624.
  93. Finkelstein  AV, Reva BA Search for the most stable folds of protein chains I. Application of a self-consistent molecular field theory to a problem of protein three-dimensional structure prediction // Protein Eng..- 1996.- Vol. 9, № 5.- P. 387-397.
  94. Finkelstein  AV, Roytberg MA Computation of biopolymers: A general approach to different problems // Biosystems.- 1993.- Vol. 30, № 1-3.- P. 1-19.
  95. Finkelstein  AV, Shakhnovich EI Theory of cooperative transition in protein molecules. II. Phase diagram for a protein molecule in solution // Biopolymers.- 1989.- Vol. 28, № 10.- P. 1681-1694.
  96. Finkelstein _AV Theory of protein molecule self-organization. III. A calculating method for the probabilities of the secondary structure formation in an unfolded polypeptide chain // Biopolymers.- 1977.- Vol. 16, № 3.- P. 525-529.
  97. Galzitskaya OV, Finkelstein  AV Folding of chains with random and edited sequences: similarities and differences // Protein Eng..- 1995.- Vol. 8, № 9.- P. 883-892.
  98. Galzitskaya OV, Finkelstein  AV Folding rate dependence on the chain length for RNA- like heteropolymers // Fold. Des..- 1998.- Vol. 3, № 2.- P. 69-78.
  99. Galzitskaya OV, Finkelstein  AV A theoretical search for folding/unfolding nuclei in three-dimensional protein structures // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.- 1999.- Vol. 96, № 20.- P. 11299-11304.
  100. Galzitskaya OV, Garbuzynskiy SO, Finkelstein AV Theoretical study of protein folding: outlining folding nuclei and estimation of protein folding rates // J. Phys. Condensed Matter.- 2005.- Vol. 17, № 18.- P. S1539-S1551.
  101. Galzitskaya OV, Garbuzynskiy SO, Ivankov DN, Finkelstein  AV Chain length is the main determinant of the folding rate for proteins with three-state folding kinetics // Proteins.- 2003.- Vol. 51, № 2.- P. 162-166.
  102. Galzitskaya OV, Higo J, Finkelstein  AV Alpha-helix and beta-hairpin folding from experiment, analytical theory and molecular dynamics simulations // Curr. Protein Peptide Sci..- 2002.- Vol. 3, № 2.- P. 191-200.
  103. Galzitskaya OV, Ivankov DN, Finkelstein  AV Folding nuclei in proteins // FEBS Letters.- 2001.- Vol. 489, № 2-3.- P. 113-118.
  104. Galzitskaya OV, Skoogarev AV, Ivankov DN, Finkelstein  AV Folding nuclei in 3D protein structures // Pacific symposium on biocomputing.- Singapore; River Edge: World Scientific.- 2000.- P. 131-142.
  105. Galzitskaya_OV, Finkelstein _AV Computer simulation of secondary structure folding of random and "edited" RNA chains // J. Chem. Phys..- 1996.- Vol. 105, № 1.- P. 319-325.
  106. Garbuzynskiy SO, Finkelstein  AV, Galzitskaya OV Outlining folding nuclei in globular proteins // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 2004.- Vol. 336, № 2.- P. 509-525.
  107. Garbuzynskiy SO, Melnik BS, Lobanov MY, Finkelstein  AV, Galzitskaya OV Comparison of X-ray and NMR structures: is there a systematic difference in residue contacts between X-ray and NMR-resolved protein structures? // Proteins.- 2005.- Vol. 60, № 1.- P. 139-147.
  108. Ivankov DN, Finkelstein  AV Prediction of protein folding rates from the amino acid sequence-predicted secondary structure // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.- 2004.- Vol. 101, № 24.- P. 8942-8944.
  109. Ivankov DN, Garbuzinskiy SO, Alm E, Plaxco KW, Baker D, Finkelstein  AV Contact order revisited: influence of protein size on the folding rate // Protein Sci..- 2003.- Vol. 12, № 9.- P. 2057-2062.
  110. Krieger E, Darden T, Nabuurs SB, Finkelstein A, Vriend G Making optimal use of empirical energy functions: force-field parameterization in crystal space // Proteins.- 2004.- Vol. 57, № 4.- P. 678-683.
  111. Kuwajima K, Semisotnov GV, Finkelstein  AV, Sugai S, Ptitsyn OB Secondary structure of globular proteins at the early and the final stages in protein folding // FEBS Letters.- 1993.- Vol. 334, № 3.- P. 265-268.
  112. Mesyanzhinov VV, Peletskaya EN, Zhdanov VM, Efimov AV, Finkelstein  AV, Ivanovsky DI Prediction of secondary structure, spatial organization and distribution of antigenic determinants for hepatitis A virus proteins // J. Biomol. Structure and Dyn..- 1987.- Vol. 5, № 2.- P. 447-458.
  113. Mirny LA, Finkelstein  AV, Shakhnovich EI Statistical significance of protein structure prediction by threading // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.- 2000.- Vol. 97, № 18.- P. 9978-9983.
  114. Murzin AG, Finkelstein  AV General architecture of the alpha-helical globule // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1988.- Vol. 204, № 3.- P. 749-769.
  115. Ptitsyn OB, Denesyuk AI, Finkelstein  AV, Lim VI Prediction of the secondary structure of the L7, L12 proteins of the E.coli ribosome // FEBS Letters.- 1973.- Vol. 34, № 1.- P. 55-57.
  116. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Mechanism of protein folding // Int. J. Quantum Chem..- 1979.- Vol. 16, № 3.- P. 407-418.
  117. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Prediction of protein three-dimensional structure by its amino acid sequences // Protein: structure, function and industrial applications.- Oxford a.o..- 1979.- P. 105-115.
  118. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Self-organization of proteins and the problem of their three-dimensional structure prediction // Protein folding: Proc. 28th conf. of the Germ. Biochem. Soc..- Amsterdam; New York.- 1980.- P. 101-115.
  119. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Similarities of protein topologies: evolutionary divergence, functional convergence or principles of folding? // Quart. Rev. Biophys..- 1980.- Vol. 13, № 3.- P. 339-386.
  120. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Theory of protein secondary structure and algorithm of its prediction // Biopolymers.- 1983.- Vol. 22, № 1.- P. 15-25.
  121. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV Prediction of protein secondary structure based on physical theory. Histones // Protein Eng..- 1989.- Vol. 2, № 6.- P. 443-447.
  122. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV, Falk (Bendzko) P Principal folding pathway and topology of all-beta proteins // FEBS Letters.- 1979.- Vol. 101, № 1.- P. 1-5.
  123. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV, Kirpichnikov MP, Skryabin KG cI and lexA repressors consist of three cro-like domains // FEBS Letters.- 1982.- Vol. 147, № 1.- P. 11-15.
  124. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV, Lim VI Theory of protein secondary structure and its application to muscle proteins // Proteins of contractile systems.- Budapest.- 1975.- P. 145-160.
  125. Ptitsyn OB, Finkelstein  AV, Murzin AG Structural model for interferon // FEBS Letters.- 1985.- Vol. 186, № 2.- P. 143-148.
  126. Ptitsyn OB, Finkelstein AV Mechanism of self-organization of the tertiary structure of globular proteins // Biomolecular structure, conformation, function and evolution.- Oxford; New York.- 1980.- Vol. 1.- P. 119-132.
  127. Ptitsyn OB, Lim VI, Finkelstein  AV Secondary structure of globular proteins and the principle of concordance of local and long-range interactions // Analysis and simulation of biochemical systems.- Amsterdam; London.- 1972.- P. 421-429.
  128. Ptitsyn OB, Reva BA, Finkelstein  AV Protein folding patterns: theoretical treatment // Highlights of modern biochemistry.- Utrecht; Tokyo.- 1989.- Vol. 1.- P. 11-17.
  129. Reva B, Finkelstein  A, Topiol S Threading with chemostructural restrictions methods for predicting fold and functionally significant residues: application to dipeptidylpeptidase IV (DDP- IV) // Proteins.- 2002.- Vol. 47, № 2.- P. 180-193.
  130. Reva BA, Finkelstein  AV A new approach to the design of a sequence with the highest affinity for a molecular surface // Protein Eng..- 1992.- Vol. 5, № 7.- P. 625-628.
  131. Reva BA, Finkelstein  AV Search for the most stable folds of protein chains. II. Computation of stable architectures of beta- proteins using a self-consistent molecular field theory // Protein Eng..- 1996.- Vol. 9, № 5.- P. 399-411.
  132. Reva BA, Finkelstein  AV, Rykunov DS, Olson AJ Building self-avoiding lattice models of proteins using a self-consistent field optimization // Proteins.- 1996.- Vol. 26, № 1.- P. 1-8.
  133. Reva BA, Finkelstein  AV, Sanner MF, Olson AJ Adjusting potential energy functions for lattice models of chain molecules // Proteins.- 1996.- Vol. 25, № 3.- P. 379-388.
  134. Reva BA, Finkelstein  AV, Sanner MF, Olson AJ Accurate mean-force pairwise-residue potentials for discrimination of protein folds // Pasific symposium on biocomputing.- Singapore; River Edge: Word Scientific.- 1997.- P. 373-384.
  135. Reva BA, Finkelstein  AV, Sanner MF, Olson AJ Residue-residue mean-force potentials for protein structure recognition // Protein Eng..- 1997.- Vol. 10, № 8.- P. 865-876.
  136. Reva BA, Finkelstein  AV, Skolnick J What is the probability of a chance prediction of a protein structure with an rmsd of 6A? // Fold. Des..- 1998.- Vol. 3, № 2.- P. 141-147.
  137. Reva BA, Rykunov DS, Finkelstein  AV, Skolnick J Optimization of protein structure on lattices using a self-consistent field approach // J. Comput. Biol..- 1998.- Vol. 5, № 3.- P. 531-538.
  138. Reva BA, Sanner MF, Olson AJ, Finkelstein  AV Lattice modeling: Accuracy of energy calculations // J. Comput. Chem..- 1996.- Vol. 17, № 8.- P. 1025-1032.
  139. Reva BA, Skolnik J, Finkelstein  AV Averaging interaction energies over homologs improves protein fold recognition in gapless threading // Proteins.- 1999.- Vol. 35, № 3.- P. 353-359.
  140. Rykunov DS, Lobanov MY, Finkelstein  AV Search for the most stable folds of protein chains. III. Improvement in fold recognition by averaging over homologous sequences and 3D structures // Proteins.- 2000.- Vol. 40, № 3.- P. 494-501.
  141. Rykunov DS, Reva BA, Finkelstein  AV Accurate general method for lattice approximation of three-dimansional structure of a chain molecule // PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS.- 1995.- Vol. 22, № 2.- P. 100-109.
  142. Samatova EN, Katina NS, Balobanov VA, Melnik BS, Dolgikh DA, Bychkova VE, Finkelstein  AV How strong are side chain interactions in the folding intermediate? // Protein Science.- 2009.- Vol. 18, № 10.- P. 2152-2159.
  143. Sander C, Vriend G, Bazan F., Horovitz A., Nakamura H, Ribas L, Finkelstein  AV, Lockhart A, Merkl R, Perry LJ, Emery SC, Gaboriaud C, Marks C, Moult J, Verlinde C, Eberhard M, Elofsson A, Hubbard TJP, Regan L, Banks J, Jappelli R, Lesk AM, Tramontano A Protein design on computers. Five new proteins: Shpilka, Grendel, Fingerclasp, Leather, and Aida // Proteins.- 1992.- Vol. 12, № 2.- P. 105-110.
  144. Schulz GE, Barry CD, Friedman J, Chou PY, Fasman GD, Finkelstein  AV, Lim VI, Ptitsyn OB, Kabat EA, Wu TT, Levitt M, Robson B, Nagano K Comparison of predicted and experimentally determined secondary structure of adenyl kinase // NATURE.- LONDON: MACMILLAN MAGAZINES LTD.- 1974.- Vol. 250, № 5462.- P. 140-142.
  145. Shakhnovich EI, Finkelstein AV Theory of cooperative transition in protein molecules. I. Why denaturation of globular protein is a first-order phase transition // Biopolymers.- 1989.- Vol. 28, № 10.- P. 1667-1680.
  146. Sunyaev SR, Bogopolsky GA, Oleynikova NV, Vlasov PK, Finkelstein  AV, Roytberg MA Form analysis of protein structural alignments toward a novel approach to align protein sequences // PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS.- 2004.- Vol. 54, № 3.- P. 569-582.
  147. Ivankov D.N., Finkelstein  A.V. Protein folding as flow across a network of folding - unfolding pathways. 1.The mid-transition case // J. Phys.Chem..- 2010.- Vol. 114, № 23.- P. 7920-7929.
  148. Ivankov D.N., Finkelstein  A.V. Protein folding as flow across a network of folding - unfolding pathways. 2. The "in-water" case // J.Phys.Chem..- 2010.- Vol. 114, № 23.- P. 7930-7934.
  149. Pereyaslavets L.B., Finkelstein  A.V. Atomic force field FFsol for calculating molecular interactions in water environment // Molecular Biology.- 2010.- Vol. 44, № 2.- P. 303-316.
  150. Galzitskaya O.V., Lobanov M.Y., Finkelstein  A.V. Cunning simplicity of a stoichiometry driven protein folding thesis // J Bimol Structure&Dynamics.- 2011.- Vol. 28, № 4.- P. 595-598.
  151. Pereyaslavets LB, Finkelstein  AV Development and Testing of PFFSol1.1, a New Polarizable Atomic Force Field for Calculation of Molecular Interections in Implicit Water Environment // Journal of Physical Chemistry B.- 2012.- Vol. 116, № 15.- P. 4646-4654.



Список статей
Список грантов
Диссертации
Патенты
Библиометрический анализ
Научно-методическая деятельность

 

НАЗАД К ОБЩЕЙ ИНФОРМАЦИИ ПО ШКОЛЕ

 

ПОИСК НАУЧНЫХ ШКОЛ

ПОИСК ПУБЛИКАЦИЙ
 

©Центральная библиотека Пущинского научного центра РАН