Ефимов Александр Васильевич

д.х.н., профессор, ИБ РАН

 

Список статей

  1. Baratova LA, Efimov AV, Dobrov EN, Fedorova NV, Hunt R, Badun GA, Ksenofontov AL, Torrance L, Jarvekulg L In suti spatial organization of potato virus A coat protein subunits as assessed by tritium bombardment // J. Virol..- 2001.- Vol. 75, № 20.- P. 9696-9702.
  2. Baratova LA, Grebenshchikov NI, Dobrov E.N., Gedrovich AV, Kashirin IA, Shishkov AV, Efimov AV, Jarvekulg L, Radavsky YL, Saarma M The organization of potato virus X coat proteins in virus particles studied by tritium planigraphy and model building // Virology.- 1992.- Vol. 188, № 1.- P. 175-180.
  3. Efimov AV Packing of alfa-helices in globular proteins. Layer- structure of globin hydrophobic cores // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1979.- Vol. 134, № 1.- P. 23-40.
  4. Efimov AV A novel super-secondary structure of proteins and the relation between the structure and the amino acid sequence // FEBS Letters.- 1984.- Vol. 166, № 1.- P. 33-38.
  5. Efimov AV Pseudo-homology of protein standard structures formed by two consecutive beta-strands // FEBS Letters.- 1987.- Vol. 224, № 2.- P. 372-376.
  6. Efimov AV Structure of coiled beta-beta-hairpins and beta-beta- corners // FEBS Letters.- 1991.- Vol. 284, № 2.- P. 288-292.
  7. Efimov AV Long and medium-sized irregular regions in proteins as combinations of small standard structures // Molecular conformation and biological interactions.- Bangalore.- 1991.- P. 19-29.
  8. Efimov AV Structure of alpha-alpha-hairpins with short connections // Protein Eng..- 1991.- Vol. 4, № 3.- P. 245-250.
  9. Efimov AV A novel super-secondary structure of beta-proteins. A triple-strand corner // FEBS Letters.- 1992.- Vol. 298, № 2-3.- P. 261-265.
  10. Efimov AV Patterns of loop regions in proteins // Curr. Opinion Struct. Biol..- 1993.- Vol. 3, № 3.- P. 379-384.
  11. Efimov AV Super-secondary structures involving triple-strand beta-sheets // FEBS Letters.- 1993.- Vol. 334, № 3.- P. 253-256.
  12. Efimov AV Favoured structural motifs in globular proteins // Structure.- 1994.- Vol. 2, № 11.- P. 999-1002.
  13. Efimov AV Structural similarity between two-layer alpha/beta and beta-proteins // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1995.- Vol. 245, № 4.- P. 402-415.
  14. Efimov AV A structural tree for alpha-helical proteins containing alpha-alpha-corners and its application to protein classification // FEBS Letters.- 1996.- Vol. 391, № 1-2.- P. 167-170.
  15. Efimov AV A structural tree for proteins containing 3beta- corners // FEBS Letters.- 1997.- Vol. 407, № 1.- P. 37-41.
  16. Efimov AV A structural tree for protein containing S-like beta- sheets // FEBS Letters.- 1998.- Vol. 437, № 3.- P. 246-250.
  17. Efimov AV Complementary packing of alpha-helices in proteins // FEBS Letters.- 1999.- Vol. 463, № 1-2.- P. 3-6.
  18. Efimov AV, Brazhnikov EV Relationship between intramolecular hydrogen bonding and solvent accessibility of side-chain donors and acceptors in proteins // FEBS Letters.- 2003.- Vol. 554, № 3.- P. 389-393.
  19. Efimov AV, Spirin AS Intramolecular triple helix as a model for regular polyribonucleotide (CAA)n // Biochem. Biophys. Res. Communs.- 2009.- Vol. 388, № 1.- P. 127-130.
  20. EfimovVP, Nepluev IV, Sobolev BN, Zurabishvili TG, Schulthess T, Lustig A, Engel J, Haener M, Aebi U, Venyaminov SY, Potekhin SA, Mesyanzhinov_VV Fibritin encoded by bacteriophage T4 gene wac has a parallel triple-stranded alpha-helical coiled-coil structure // JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY.- 1994.- Vol. 242, № 4.- P. 470-486.
  21. Efimov AV Common structural motifs in small proteins and domains // FEBS Letters.- 1994.- Vol. 355, № 3.- P. 213-219.
  22. Efimov AV Structural trees for protein superfamilies // Proteins.- 1997.- Vol. 28, № 2.- P. 241-260.
  23. Fedorov OV, Efimov AV Flagellin as an object for supramolecular engineering // Protein Eng..- 1990.- Vol. 3, № 5.- P. 411-413.
  24. Makarov VV, Rybakova EN, Efimov AV, Dobrov EN, Serebryakova MV, Solovyev AG, Yaminsky IV, Taliansky ME, Morozov SY, Kalinina NO Domain organization of the N-terminal portion of hordeivirus movement protein TGBp1 // J Gen. Virol..- 2009.- Vol. 90, № 12.- P. 3022-3032.
  25. Gedrovich A, Shishkov A, Goldanskii V, Baratova L, Grebenshchikov N, Efimov A Modelling protein three-dimensional structure using tritium planigraphy // EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL.- 1991.- Vol. 19, № 6.- P. 283-286.
  26. Klyachko NL, Shchedrina VA, Efimov AV, Kazakov SV, Gazaryan IG, Kristal BS, Brown AM pH-dependent substrate preference of pig heart lipoamide dehydrogenase varies with oligomeric state // J Biol. Chem..- 2005.- Vol. 280, № 16.- P. 16106-16114.
  27. Kondratova MS, Efimov AV The effect of the structural context on specificity of polar interactions in proteins // Recent advances in structural bioinformatics. 2007.- Kerala: Research Signpost.- 2007.- P. 57-68.
  28. Lim VI, Efimov AV The folding of protein chains. Prediction of tobacco mosaic virus protein tertiary structure // FEBS Letters.- 1976.- Vol. 69, № 1.- P. 41-44.
  29. Lim VI, Efimov AV The folding pathway for globins // FEBS Letters.- 1977.- Vol. 78, № 2.- P. 279-283.
  30. Mesyanzhinov VV, Peletskaya EN, Zhdanov VM, Efimov AV, Finkelstein AV, Ivanovsky DI Prediction of secondary structure, spatial organization and distribution of antigenic determinants for hepatitis A virus proteins // J. Biomol. Structure and Dyn..- 1987.- Vol. 5, № 2.- P. 447-458.
  31. Nemykh VA, Efimov AV, Novikov VK, Orlov VN, Arutyunyan AM, Drachev VA, Lukashina EV, Baratova LA, Dobrov EN One more probable structural transition in potato virus X virions and a revised model of the virus coat protein structure // Virology.- 2008.- Vol. 373, № 1.- P. 61-71.
  32. Boshkova E.A., Efimov A. V. Structures closed into cycles in proteins containing 3 beta-corners // Biochemistry-Moscow.- 2010.- Vol. 75, № 10.- P. 1258-1263.
  33. Brazhnikov E.V., Efimov A.V. Structure of beta-beta-hairpins closed into cycles by S-S-bridges // Molecular Biology.- 2010.- Vol. 44, № 3.- P. 466-472.
  34. Efimov A.V. Structural motifs are closed into cycles in proteins // BBRC.- 2010.- Vol. 399, № 3.- P. 412-415.
  35. Gordeev A.V., Kargatov A.M., Efimov A.V. PCBOST: Protein classification based on structural trees // BBRC.- 2010.- Vol. 397, № 3.- P. 470-471.
  36. Kargatov A.M. Efimov A.v. A novel structural motif and structural trees for proteins containing it // Biochemistry-Moscow.- 2010.- Vol. 75, № 2.- P. 249-256.
  37. Efimov AV Structures closed into cycles in globular proteins // Biochemistry-Moscow.- 2011.- Vol. 76, № 13.- P. 1385-1390.
  38. Альтштейн АД, Ефимов АВ Физико-химическая основа происхождения генетического кода: стереохимический анализ взаимодействия аминокислот и нуклеотидов на основе гипотезы прогенов // Молекуляр. биология.- 1988.- T. 22, № 5.- C. 1411-1429.
  39. Бражников ЕВ, Ефимов АВ Структура альфа-спиральных шпилек с короткими перетяжками в глобулярных белках // Молекуляр. биология.- 2001.- T. 35, № 1.- C. 100-108.
  40. Бражников ЕВ, Ефимов АВ Анализ взаимодействия спрятанных полярных боковых цепей в бета-белках // Молекуляр. биология.- 2005.- T. 39, № 5.- C. 878-886.
  41. Бражников ЕВ, Ефимов АВ Роль структурного контекста в отборе конформации гидрофоб-ных боковых цепей, расположенных в a- и d-позициях альфа-спиралей // Молекуляр. биология.- 2007.- T. 41, № 3.- C. 544-555.
  42. Гордеев АБ, Ефимов АВ Новое структурное дерево (альфа + бета)-белков, содержащих abCd-единицы // Молекуляр. биология.- 2009.- T. 43, № 3.- C. 521-526.
  43. Гордеев АБ, Кондратова МС, Ефимов АВ Новое структурное древо бета-белков, содержащих abcd-единицы // Молекуляр. биология.- 2008.- T. 42, № 2.- C. 323-326.
  44. Добров ЕН, Ефимов АВ, Баратова ЛА Исследование структуры рибонуклеопротеидов спиральных вирусов растений методами тритиевой планиграфии и теоретического моделирования // Молекуляр. биология.- 2004.- T. 38, № 5.- C. 945-958.
  45. Добров ЕН, Немых МА, Лукашина ЕВ, Баратова ЛА, Драчев ВА, Ефимов АВ Модифицированная модель структуры белка оболочки X-вируса картофеля // Молекуляр. биология.- 2007.- T. 41, № 4.- C. 706-710.
  46. Ефимов АВ Стереохимия упаковок альфа-спиралей и бета-структуры в компактной глобуле // Докл. АН СССР.- 1977.- T. 235, № 3.- C. 699-702.
  47. Ефимов АВ Слоевая структура гидрофобных ядер глобинов. Предсказание поворотных изомеров гидрофобных боковых цепей // Докл. АН СССР.- 1978.- T. 243, № 2.- C. 512-515.
  48. Ефимов АВ О роли перетяжек в образовании белковых структур, содержащих четыре спиральных участка // Молекуляр. биология.- 1982.- T. 16, № 2.- C. 271-281.
  49. Ефимов АВ Супервторичная структура бета-белков // Молекуляр. биология.- 1982.- T. 16, № 4.- C. 799-806.
  50. Ефимов АВ Новая супервторичная структура белков: альфа-альфа- уголок // Молекуляр. биология.- 1984.- T. 18, № 6.- C. 1524-1537.
  51. Ефимов АВ Стандартные конформации полипептидной цепи в нерегулярных участках белков // Молекуляр. биология.- 1986.- T. 20, № 1.- C. 250-260.
  52. Ефимов АВ Стандартные структуры в белковых молекулах. I. Альфа- бета-шпильки // Молекуляр. биология.- 1986.- T. 20, № 2.- C. 329-339.
  53. Ефимов АВ Стандартные структуры в белковых молекулах. II. Бета- альфа-шпильки // Молекуляр. биология.- 1986.- T. 20, № 2.- C. 340-345.
  54. Ефимов АВ Устойчивость белков к действию денатурирующих агентов и повышенной температуры прямо пропорциональна доле гидрофобных остатков в их молекулах // Молекуляр. биология.- 1987.- T. 21, № 1.- C. 62-72.
  55. Ефимов АВ Псевдогомология стандартных структур, образованных двумя соседними по цепи beta-тяжами // Структура и биосинтез белков.- Пущино.- 1987.- T. 1.- C. 62-70.
  56. Ефимов АВ Длинные нерегулярные участки в белках как комбинации небольших стандартных структур // Молекуляр. биология.- 1990.- T. 24, № 3.- C. 851-858.
  57. Ефимов АВ L-образная структура из двух альфа-спиралей с остатком пролина между ними // Молекуляр. биология.- 1992.- T. 26, № 6.- C. 1370-1376.
  58. Ефимов АВ Новые структурные мотивы в альфа-спиральных белках // Биоорган. химия.- 1997.- T. 23, № 4.- C. 243-250.
  59. Ефимов АВ Архитектура компактных структур из трех альфа- спиралей // Биоорган. химия.- 1998.- T. 24, № 7.- C. 517-522.
  60. Ефимов АВ Структурные деревья глобулярных белков // Успехи биологической химии.- Пущино.- 2004.- T. 44.- C. 109-132.
  61. Ефимов АВ Механизм отбора поворотных изомеров боковых цепей в альфа-спиралях // Биохимия.- 2007.- T. 72, № 2.- C. 223-227.
  62. Ефимов АВ Структурные деревья белков, содержащих фи-мотивы // Биохимия.- 2008.- T. 73, № 1.- C. 29-35.
  63. Ефимов АВ, Кондратова МС Сравнительный анализ межспиральных полярных взаимодействий в различных упаковках альфа-спиралей в белках // Молекуляр. биология.- 2003.- T. 37, № 3.- C. 515-521.
  64. Каргатов АМ, Ефимов АВ Поворотные изомеры боковых цепей в альфа-альфа-шпильках белков и механизм их отбора // Молекуляр. биология.- 2007.- T. 41, № 5.- C. 876-884.
  65. Кондратова МС, Ефимов АВ Систематический анализ спрятанных полярных боковых цепей и их взаимодействий в альфа-спиральных белках // Молекуляр. биология.- 2002.- T. 36, № 1.- C. 144-151.
  66. Лим ВИ, Мазанов АЛ, Ефимов АВ Структура рибосомных белков. Предсказание третичной структуры белков из малой 30S субчастицы рибосомы Escherichia coli // Докл. АН СССР.- 1978.- T. 242, № 5.- C. 1219-1222.
  67. Лим ВИ, Мазанов АЛ, Ефимов АВ Стереохимическая теория пространственной структуры глобулярных белков. I. Высокоспиральные промежуточные структуры // Молекуляр. биология.- 1978.- T. 12, № 1.- C. 206-213.
  68. Бошкова Е.А., Ефимов А.В. Замкнутые в циклы структуры, содержащие 3?-уголки // Биохимия.- 2010.- T. 75, № 10.- C. 1417-1423.
  69. Бражников Е.В., Ефимов А.В. Структура b-b-шпилек, замкнутых в циклы s-s-мостиками // Молекулярная биология.- 2010.- T. 44, № 3.- C. 529-534.
  70. Каргатов А.М., Ефимов А.В. Новый структурный мотив и структурные деревья содержащих его белков // Биохимия.- 2010.- T. 75, № 2.- C. 305-312.


Список статей
Список грантов
Диссертации
Патенты
Библиометрический анализ
Научно-методическая деятельность

 

НАЗАД К ОБЩЕЙ ИНФОРМАЦИИ ПО ШКОЛЕ

 

ПОИСК НАУЧНЫХ ШКОЛ

ПОИСК ПУБЛИКАЦИЙ
 

©Центральная библиотека Пущинского научного центра РАН