Финкельштейн Алексей Витальевич

член-кор. РАН, про., док. физ.-мат. наук,

зав. лаб. физ. белка ИБ РАН

Биография

 http://www.protres.ru/index.php?option=com_content&task=view&id=18&Itemid=35

1947 г.р., член-корреспондент РАН, профессор, доктор физико-математических наук, заведующий Лабораторией физики белка Института белка РАН
В 1964 г. А.В. Финкельштейн поступил в Московский физико-технический институт, на факультет молекулярной и химической физики, который и окончил с отличием в 1970 г. В 1967 г. он пришел на преддипломную практику в Лабораторию физики белка Института белка АН СССР. Дипломную работу, в ходе которой был создан первый в мире успешный метод предсказания вторичной структуры белков по их аминокислотным последовательностям, выполнил под руководством заведующего этой лабораторией, профессора О.Б. Птицына. Окончив МФТИ в 1970 г. и оставшись в той же лаборатории, он занимался теорией белковых структур и методами их предсказания, после защиты диссертации под руководством О.Б. Птицына, в 1976 г. получил степень кандидата физико-математических наук. Затем Алексей Витальевич начал заниматься термодинамикой и кинетикой образования структур белков, и их классификацией и дизайном. В 1991 г. защитил докторскую диссертацию в МГУ.
В 1999 г, после кончины О.Б. Птицына, А.В. Финкельштейн стал заведующим Лабораторией физики белка Института белка РАН. Алексей Витальевич также является профессором Пущинского филиала МГУ, профессором МГУ им. Ломоносова; читает курс лекций по физике белка для студентов МГУ.
Под руководством Алексея Витальевича было выполнено порядка 20 дипломных и магистерских работ, защищено 7 кандидатских диссертаций и одна докторская.
В 1999 г. А.В. Финкельштейн, вместе с О.Б. Птицыным, Д.А. Долгих и
М.П. Кирпичниковым, был награжден Государственной Премией РФ по науке и технике – за работы по биофизике белков и белковой инженерии. В 2002 г. получил премию CASP и IBM. А.В. Финкельштейн является Соросовским профессором, членом редколлегий журналов «Молекулярная биология», “The Journal of Computational Biology” и "Chemistry Central Journal", многократно приглашался для участия в международных конгрессах и симпозиумах, для участия в оргкомитетах этих мероприятий, для научной работы, для чтения лекций и т.п.  
Алексеем Витальевичем опубликовано свыше 300 научных публикаций в отечественных и международных журналах и сборниках в области физики белка, а также учебник-монография «Физика белка», выдержавший в нашей стране 4 издания. Эта книга переведена на английский, французский, китайский языки и в полной мере востребована научной, аспирантской и студенческой аудиторией в разных странах мира.
Школа: Физика белка
 Основатель школы: профессор Олег Борисович Птицын, 1929-1999
Лидер школы: профессор Алексей Витальевич Финкельштейн
основные направления:

• Развитие теории трехмерной структуры белков и разработка алгоритмов расчета этих структур по их аминокислотной последовательности.
• Конструирование белков de-novo и белковая инженерия.
• Теоретические и экспериментальные исследования основных стадий процесса сворачивания белка в функционирующую трехмерную структуру, начиная с развернутого состояния полипептидной цепи.

Основной состав школы:

• Ефимов Александр Васильевич, д.х.н., профессор, ИБ РАН
• Семисотнов Геннадий Васильевич, д.ф.-м.н., профессор, ИБ РАН
• Бычкова Валентина Егоровна, д.ф.-м.н., ИБ РАН
• Галзитская Оксана Валериановна, д.ф.-м.н., ИБ РАН
• Сурин Алексей Константинович, к.ф.-м.н., ИБ РАН
• Бражников Евгений Викторович, к.ф.-м.н., ИБ РАН
• Марченков Виктор Викторович, к.б.н., ИБ РАН
• Мельник Богдан Степанович, к.ф.-м.н., ИБ РАН
• Гарбузинский Сергей Александрович, к.ф.-м.н., ИБ РАН
• Иванков Дмитрий Николаевич, к.ф.-м.н., Германия
• Саматова Екатерина Николаевна, к.ф.-м.н., Германия
• Переяславец Леонид Борисович, к.ф.-м.н., США
• Шахнович Евгений Исаакович, к.ф.-м.н., полный профессор Гарвардского университета, США
• Мурзин Алексей Григорьевич, к.ф.-м.н., MRC LMB, Group Leader, Великобритания
• Уверский Владимир Николаевич, д.ф.-м.н., профессор, США
• Богатырева Наталья Сергеевна, к.ф.-м.н., Германия
• Балобанов Виталий Александрович, к.ф.-м.н., ИБ РАН
• Марченко Наталия Юрьевна, к.б.н., ИБ РАН
• Каргатов Антон Михайлович, к.б.н., ИБ РАН
• Гордеев Алексей Борисович, к.б.н., ИБ РАН
• Рябова Наталья Александровна, аспирант, ИБ РАН
• Довидченко Никита Владимирович, аспирант, ИБ РАН
• Катина Наталья Сергеевна, аспирант, ИБ РАН
• Евдокимов Станислав Рудольфович, аспирант, ИБ РАН
• Глякина Анна Владимировна, аспирант, ИБ РАН
• Бошкова Евгения Александровна, аспирант, ИБ РАН
• Дудина Мария Анатольевна, аспирант, ИБ РАН

Список некоторых научных публикаций А.В. Финкельштейна

• Schulz G.E., Barry C.D., Friedman J., Chou P.Y., Fasman G.D., Finkelstein A.V., Lim V.I., Ptitsyn O.B., Kabat E.A., Wu T.T., Levitt M., Robson B., Nagano K. - Comparison of predicted and experimentally determined secondary structure of adenilate kinase. - Nature, 1974, 250: 140-142.
• Ptitsyn O.B., Finkelstein A.V. - Similarities of protein topologies: evolutionary divergence, functional convergence or principles of folding? - Quart. Rev. Biophys., 1980, 13: 339-386.
• Ptitsyn O.B., Finkelstein A.V. - Theory of protein secondary structure and algorithm of its prediction. - Biopolymers, 1983, 22: 15-25.
• Finkelstein A.V., Ptitsyn O.B. - Why do globular proteins fit a limited set of folding patterns? - Progr. Biophys. and Mol. Biol., 1987, 171-190.
• Murzin A.G., Finkelstein A.V. - General architecture of alpha-helical globule. - J. Mol. Biol., 1988, 204: 749-770.
• Shakhnovich E.I., Finkelstein A.V. - Theory of cooperative transitions in protein molecules. - Biopolymers, 1989, 28: 1667-1694.
• Finkelstein A.V., Badretdinov A.Yu., Ptitsyn O.B. - Short alpha-helix stability. - Nature, 1990, 345: 300-300.
• Chothia C., Finkelstein A.V. - The classification and origins of protein folding patterns. - Ann. Rev. Biochem., 1990, 59: 1007-1039.
• Finkelstein A.V., Reva B.A. - Search for the most stable folds of protein chains. - Nature, 1991, 351: 497-499.
• Fedorov A.N., Dolgikh D.A., Chemeris V.V., Chernov B.K., Finkelstein A.V., Schulga A.A., Alakhov Yu.B., Kirpichnikov M.P., Ptitsyn O.B. - De novo design, synthesis and study of albebetin, a polypeptide with a predetermined three-dimensional structure. Probing the structure at the nanogram level. - J. Mol. Biol., 1992, 225: 927-931.
• Finkelstein, A.V., Badretdinov, A.Ya. . Gutin, A.M. - Why do protein architectures have a Boltzmann-like statistics? - Proteins, 23: 142-150, 1995.
• Finkelstein A.V. - Protein structure: what is possible to predict now. - Curr. Opin. Struct. Biol., 1997, 7: 60-71.
• Finkelstein A.V., Badretdinov A.Ya. Rate of protein folding near the point of thermodynamic equilibrium between the coil and the most stable chain fold. - Folding & Design, 1997, 2: 115-121.
• Finkelstein A.V. - 3D Protein Folds: Homologs against errors - a simple estimate based on the random energy model. - Phys. Rev. Lett., 1998, 80: 4823-4825.
• Reva B.A., Skolnick J., Finkelstein A.V. - Averaging of interaction energies over homologs improves protein fold recognition in gapless threading. - Proteins, 1999, 35: 353-359. Galzitskaya O.V., Finkelstein A.V. - A theoretical search for folding/unfolding nuclei in three-dimensional protein structures. - Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96: 11299-11304.
• Mirny L.A., Finkelstein A.V., Shakhnovich E.I. – Statistical significance of protein structure prediction by threading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97: 9978-9983. Galzitskaya O.V., Ivankov D.N., Finkelstein A.V. - Folding nuclei in proteins - FEBS Letters, 2001, 489: 113-118.
• Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка. Курс лекций. М.: Книжный Дом “Университет”, 2002, 376 с.
• Finkelstein A.V., Ptitsyn O.B. Protein Physics. Acad. Press, An Imprint of Elsevier Science; Amsterdam – Boston – London – New York – Oxford – Paris – San Diego – San Francisco – Singapore – Sydney – Tokyo, 2002, i-xix + 354 p.
• Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка. Курс лекций с цветными и стереоскопическими иллюстрациями, 2-е изд. М.: Книжный Дом “Университет”, 2002, 376 с. c 32 c. илл.
• Ivankov D.N., Garbuzynskiy S.O., E. Alm E., Plaxco K.W., Baker D., Finkelstein A.V. - Contact Order Revisited: Influence of protein size on the folding rate. - Protein Science, 2003, 12: 2057-2062.
• Ivankov D.N., Finkelstein A.V. - Prediction of protein folding rates from the amino-acid sequence-predicted secondary structure. - Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101:8942-8944.
• Finkelstein A.V., Ivankov D.N., Garbuzynskiy S.O., Galzitskaya O.V. -Understanding the folding rates and folding nuclei of globular proteins. Current Protein And Peptide Science, 2007, 8, 521-536.
• Finkelstein A.V., Ptitsyn O.B. Protein Physics. A Course of Lectures. ("Universitet" Publishing House, Moscow, 2002, 2002, 2005; Academic Press/Elsevier, Amsterdam – ... – Tokyo; 2002; Chemical Industry Press, Beijing, 2007).
• Finkelstein, A.V., Ivankov, D.N., Garbuzynskiy, S.O. & Galzitskaya, O.V. (2008). Protein structure and its folding rate. In: "Mathematical modelling of biosystems" (Mondaini R., Pardalos P. M., eds.). Springer Verlag, Heidelberg, pp. 273-301.
• Finkelstein A.V., Lobanov M.Y., Dovidchenko N.V., Bogatyreva N.S. Many-atom Van Der Waals interactions lead to direction-sensitive interactions of covalent bonds. J. Bioinform. Comput. Biol., 2008, 6:693-707
• Samatova, E.N., Katina, N.S., Balobanov, V.A., Melnik, B.S., Dolgikh, D.A., Bychkova, V.E. & Finkelstein A.V. (2009). How strong are side chain interactions in the folding intermediate? Protein Science, 18, 2152-2159.
• Лобанов, М.Ю., Богатырева, Н.С., Иванков, Д.Н. & Финкельштейн А.В. (2009). Предсказания структур белков по аналогии. I. Hовая база пространственно-сходных и несходных структур белковых доменов для тестирования и оптимизации методов предсказания. Молекулярная биология, 43, 722-732.
• Лобанов, М.Ю. & Финкельштейн, А.В. Предсказания структур белков по аналогии. (2009). II. Тестирование матриц замен и псевдо-потенциалов, используемых при выравнивании первичных структур белков с пространственными. Молекулярная биология, 43, 733-740.
• Samatova, E.N., Melnik, B.S., Balobanov, V.A., Katina, N.S., Dolgikh, D.A., Semisotnov, G.V., Finkelstein, A.V. & Bychkova V.E. (2010). Folding intermediate and folding nucleus for I─N and U─N transitions in apomyoglobin: contributions of conserved and non-conserved residues. Biophysical Journal, 98, 1694-1702.
• Лобанов, М.Ю. & Финкельштейн, А.В. (2010). Предсказания структур белков по аналогии. III. Оптимизация комбинации матриц замен и псевдопотенциалов, используемых при выравнивании первичных структур белков с пространственными. Молекулярная Биология, 44, 120–129.
• Переяславец, Л.Б. & Финкельштейн, А.В. (2010).  Силовое поле FFSol для расчета взаимодействий молекул в водном окружении. Молекулярная Биология, 44, 340–354.
• Финкельштейн, А.В. & Переяславец, Л.Б. (2010). Новые поляризуемые атомные силовые поля для расчета невалентных взаимодействий в явно и неявно заданном водном окружении. Математическая Биология и Биоинформатика, 5, 138–149.
• Ivankov D.N., Finkelstein A.V. Protein folding as flow across a network of folding-unfolding pathways. 1. The mid-transition case; 2. The "in-water" case.. J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 7920-7929; 7930-7924.
• Spirin, A.S. & Finkelstein A.V. (2011). The ribosome as a brownian ratchet machine. In: "Molecular Machines in Biology" (Frank J., ed.). Cambridge University Press, Cambridge MA, pp. 158-190.
• Pereyaslavets L.B., Finkelstein A.V. (2012) Development and testing of PFFsol_1, a new polarizable atomic force field for calculation of molecular interactions in implicit water environment. The Journal of Physical Chemistry B, 116:4646-4654.
• Финкельштейн А.В., Птицын О.Б.: "Физика белка". Курс лекций, 4-е дополненное издание. Книжный Дом Университет, Москва, 2012, 524c.
• Garbuzinskiy, S.A., Ivankov, D.N., Bogatyreva, N.S. & Finkelstein, A.V. «Golden triangle» for protein folding rates. (2013). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110, 147-150.

 

 

Список статей
Список грантов
Диссертации
Патенты
Библиометрический анализ
Научно-методическая деятельность

 

НАЗАД К ОБЩЕЙ ИНФОРМАЦИИ ПО ШКОЛЕ