Родился 8 августа 1963 года в городе Лисичанск(Украина).Окончил Московский физико-технический институт, факультет аэрофизики и космических исследований в 1986 г. В1986–1989 г. учился в аспирантуре МФТИ. Кандидат физико-математических наук (1990), тема диссертации: «Низкочастотные поля, генерируемые компактными источниками в океане, и модуляция ими звука». После окончания МФТИ работал в Научно-исследовательском вычислительном центре АН СССР (с 1992 г. – Институт математических проблем биологии РАН), где прошел путь от младшего научного сотрудника до учёного секретаря и заведующего лабораторией. По совместительству С.А.Махортых работает в Московском университете с 2001 г. в должности доцента кафедры математических методов прогнозирования факультета вычислительной математики и кибернетики.
Область научных интересов: математическая биология, акустическая экология, информатика, распознавание образов и обработка изображений.